Le périmètre initial de la Convention Publique d’Aménagement s’étendait sur 203 hectares, compris entre la ceinture des cours Arnozan, de Verdun, Clemenceau, Gambetta, d’Albret, A.Briand, de la Marne, la rue Peyronnet et la Garonne. Il regroupe 23 500 logements pour 30 000 habitants.
Il a été étendu, depuis juillet 2007, à un périmètre de 21,5 hectares dénommé "Marne-Yser".

Le 11 janvier 2002, une convention cadre pour le Renouvellement du Centre Historique a été signée entre la Ville de Bordeaux, l’Etat, la Communauté Urbaine de Bordeaux, l’Agence Nationale pour l’Amélioration de l’Habitat et la Caisse des Dépôts et Consignations.

Après concertation, un projet global, définissant clairement les objectifs détaillés, est arrêté. Le programme d’actions vise à améliorer la qualité de vie et le confort résidentiel des habitants (actuels et à venir), à renforcer la diversité sociale (âge, situation et composition des ménages), à diversifier l’offre résidentielle et à juguler ainsi une dévitalisation progressive du centre.

Ce renouvellement du Centre Historique accompagne les projets structurants de l’agglomération bordelaise comme la mise en service du tramway, le réaménagement des places, des quais… il vise à harmoniser ville historique et modes de vie contemporains, tout en préservant l’identité des quartiers.

Le 8 juillet 2002, la Mairie de Bordeaux fixe les tâches et moyens d’InCité par le biais d’une Convention Publique d’Aménagement d’une durée de 8 ans (2002/2010) qui a fait l'objet de trois avenants comprenant l'intégration du secteur Marne-Yser et prolongeant sa durée à 2014.
InCité est alors habilitée à utiliser l’ensemble des outils de renouvellement urbain.

Doté d’un budget d’aménagement de 40 millions d’euros, InCité est en charge du volet "Habitat Résidentiel" de l’opération de requalification du centre historique. Il est basé sur quatre exigences majeures :
- Engager des réflexions et des interventions sur certains îlots prioritaires tout en préservant la cohérence globale du projet.
- Conduire une diversification des programmes immobiliers (surface, typologie, statut d'occupation).
- Garantir un niveau de confort (à l’intérieur des logements comme des immeubles, avec la création de locaux communs, d’ascenseurs, de places de stationnement…).
- Veiller au respect et à la valorisation du patrimoine architectural et urbain.

L’objectif, à l’horizon 2014, est de réhabiliter 2 400 logements et de créer 5 000 m2 d’espaces communs et commerciaux ainsi que 330 places de stationnement.

Huit ans après son lancement, l’opération porte ses fruits : 1755 logements ont été réhabilités ou sont en cours de réalisation, dont 30 % de logements sociaux publics et privés.